Text und HTML Nachrichten werden standardmäßig mit dem "quotedprintable" Mechanismus kodiert. Nachrichten Header werden auch mit dem quotedprintable Mechanismus kodiert wenn in setHeaderEncoding() nicht base64 spezifiziert wurde. Alle andere Anhänge werden über "base64" kodiert, wenn an den Mime Teil keine andere Kodierung über den addAttachment() Aufruf übergeben oder später zugewiesen worden ist. 7Bit und 8Bit Kodierung können derzeit nur auf binärische Inhalte angewandt werden.

Die Kodierung des Headers, speziell die Kodierung des Subjects ist ein trickreiches Thema. Zend_Mime implementiert aktuell seinen eigenen Algorithmus um quotedprintable Header nach RFC-2045 zu kodieren. Der Hintergrund ist das Problem von iconv_mime_encode und mb_encode_mimeheader in Bezug zu bestimmten Zeichensätzen. Dieser Algorithmus unterbricht den Header nur bei Leerzeichen, das zu Headern führen könnte welche die erwartete Länge von 76 Zeichen weit überschreiten. Für diesen Fall wird vorgeschlagen zur BASE64 Header Kodierung zu welchseln, wie es im folgenden Beispiel beschrieben wird:

Zend_Mail_Transport_Smtp kodiert die Zeilen beginnend mit einem oder zwei Punkten, so dass die Mail das SMTP Protokoll nicht missachtet.